グループリーグは32クラブを4クラブ×8グループに分ける。ホーム・アンド・アウェー方式の2回総当りで争い、各組2位までの16チームが決勝トーナメントに進む。また、グループリーグ3位のチームはELの決勝トーナメントに回る。そのうちの上位4チームは、ELグループリーグの首位とともに、決勝トーナメント1回戦でシードされる。

1.該当チーム同士の直接対決における勝点
2.該当チーム同士の直接対決における総得点
3.該当チーム同士の直接対決におけるアウェイゴール数
4.全試合の得失点差
5.グループリーグにおける総得点
6.UEFAランキングの上位の国と地域
決勝トーナメントは16クラブによるホーム&アウェー方式によるトーナメントで、2試合の通算得点が同じ場合はアウェーゴールの多い方が勝者となる。それでも勝者が決まらない場合は、2試合目の試合後に前後半15分の延長戦を行う。 延長戦後、得点数が同数であった場合にもアウェーゴールが適用され、アウェークラブが次のラウンドに進出する。 延長戦で両軍とも無得点の場合はPK戦で勝者を決定する。
準々決勝以降は再度組み合わせ抽選を決勝戦開催地（2009-10シーズン以降はスイスのニヨン）にて実施、そこで前年優勝クラブから優勝カップを返還する。
決勝戦は事前にUEFAにより決定された試合地での1試合決着とし、90分で決しない場合は延長戦を行い、さらに決しない場合はPK戦となる。

【出場枠】
UEFAに加盟する各国地域内での前年度リーグ戦の上位クラブが参加できる。国別の出場枠およびどのレベルから参加できるかは、UEFAランキングのカントリーランキングで決まる。

(1)UEFAランキング1位〜3位の国の上位4クラブ
(2)UEFAランキング4位〜6位の国の上位3クラブ
(3)UEFAランキング7位〜15位の国の上位2クラブ
(4)UEFAランキング16位以下の国の1位クラブ
(5)前年度UEFAチャンピオンズリーグ優勝クラブ
(6)前年度UEFAヨーロッパリーグ優勝クラブ

【出場32チームの構成】
UEFAランキング1位〜3位の国の上位3クラブ(9)
UEFAランキング4位〜6位の国の上位2クラブ(6)
UEFAランキング7位〜12位の国の1位クラブ(6)
優勝チーム予選を勝ち上がったUEFAランキング13位以下の国の1位クラブ(5)
上位チーム予選を勝ち上がったUEFAランキング1～15位の国の2～4位クラブ及びUEFAヨーロッパリーグ前年度優勝クラブ(5)
UEFAチャンピオンズリーグ前年度優勝クラブ/UEFAヨーロッパリーグ前年度優勝クラブ/UEFAランキング13位の国の1位クラブのいずれか(1)

【予選】
予選は優勝チーム予選と上位チーム予選の二つのルートで行われる。どのラウンドも1対1のホーム&アウェー方式で行われる。組み合わせ抽選は、シーズン開幕時に確定したクラブ・ランキングに従ってシード分けした上で行われる。前年度EL優勝クラブが本大会出場権を獲得していない場合は、プレーオフから参加する（ランキング13位以下の国の優勝クラブの場合は優勝チーム予選プレーオフへ、そうでない場合は上位チーム予選プレーオフへ回る）。